La présidente de l'université est élue à la majorité absolue des membres élus du conseil d'administration parmi les enseignants-chercheurs, chercheurs, professeurs ou maîtres de conférences, associés ou invités, ou tous autres personnels assimilés, sans condition de nationalité. Son mandat, d'une durée de quatre ans, expire à l'échéance du mandat des représentants élus des personnels du conseil d'administration. Il est renouvelable une fois.

• Elle est chargée de diriger l'Université, dont elle est ordonnateur des recettes et des dépenses.
• Elle a autorité sur tout le personnel.
• Elle est responsable du maintien de l'ordre.
• Elle est assistée par les vice-présidents des trois conseils élus et par un bureau élu, sur sa proposition, par le conseil d'administration.

Enfin les missions sont créées par la Présidente pour répondre à des besoins particuliers de l'université. Ces structures sont dirigées par un chargé de Mission nommé par le Président. Les missions disposent d'un budget propre et sont rattachées à l'administration de l'Université.